贯通式货架与横梁式货架相比，虽然同样是采取机械化作业的形式，但贯通式货架在空间利用率上更胜一筹，比横梁式货架提高30%以上，多出了一半以上的货物存储能力。之所以贯通式货架的空间利用率非常高，是因为其结构的优势。
横梁式货架需要预留出一定货架间的巷道供叉车等机械进行货物存取，通道的宽度通常是根据叉车的转弯半径来设计，过多的巷道大大影响了横梁式货架的空间利用率。而贯通式货架的货物存取是驶入货架内部来进行，如此就取消了位于各排货架之间的巷道，将货架合并在一起，使得同一层和同一列的货物互相挨着，大大提高了空间利用率，这就是贯通式货架空间利用率远比横梁式货架要高的原因。
不过与横梁式货架先入先出的货物存取方式不同，贯通式货架的货物存取从货架同一侧进出，存取方式为先存后取、后存先取，单面取货建议不超过7个货位的深度。且贯通式货架对货物存取也有一定的限制，适合大批量少品种的货物存储，以及包装统一、产品单一的货物存取；而横梁式货架则适用于各行各业的货物存取。